在有了正确的手型以后，长笛的运指灵活、规范与否，就直接关系到演奏的质量。运指的速度和舌头的速度是快速流畅演奏的两大基础。长笛的运指要求有弹性，离键时，手指不要抬的太高，因为会影响运指的速度，一般手指放松离键约1厘米即可，最好是紧贴指键。下键时，手指通过与手掌连接的关节运动，把力量传送到指尖上，再按下去。总的来说，运指以快速、灵活、干净、平均、有节奏感为好，切忌关节凹陷，僵硬。

    现代长笛在高音区仍然使用交叉指法。除了低音区和中音区大部分的指法相同，较容易联系外，高音区的指法复杂，难度大。因此，对高音的指法应加强联系。开始练习高音指法时，宁慢勿快，想好指法的连接后，最好一次完成指法连接，这样便于记忆高音指法，同时还需要不时地用指法表中的正确指法来检查自己的指法是否有错误